Mapowanie genu wywołującego rodzinną gorączkę śródziemnomorską na krótszym ramieniu chromosomu 16 cd

Każdy symbol reprezentujący członka rodziny jest wyrównany pod ścieżką reprezentującą DNA członka; stałe symbole oznaczają dotkniętych członków. A, B, C i D oznaczają allele rodzicielskie. Na ścieżkach dla HBA pasmo 16,5 kb jest względnie słabe, ponieważ przeniesienie DNA z żelu jest mniej wydajne przy wysokich masach cząsteczkowych. Taql zastosowano w bibule dla D16S84 i Rsal w bibule dla HBA; CMM65 i 5 HVR oznaczają plazmidy stosowane do konstruowania sond hybrydyzacyjnych.
W naszych systematycznych poszukiwaniach genu powodującego rodzinną gorączkę śródziemnomorską, jednym z pierwszych markerów chromosomu 16, który badaliśmy, był D16S84, polimorfizm dwóch alleli zidentyfikowany przez sondowanie Southern blot strawionych TaqI plazmidem pCMM65.17 Autoradiogram dla jednego z naszych badane rodziny pokazano na rysunku (D16S84). W tej rodzinie wszystkie trzy dotknięte potomstwem były heterozygotami AB; dwa niedotknięte potomstwo miało genotyp AA. Dlatego w tej rodzinie jeden z alleli matki i allel ojca B odziedziczył gen choroby. Korzystając z programu komputerowego MLINK, 23 stwierdziliśmy, że wynik dla tej rodziny wynosił 0,81 przy częstotliwości rekombinacji 0,00. Oznacza to, że szanse na połączenie wynoszą około 6,5: (10,081 = 6,5), biorąc pod uwagę genotypy w tej rodzinie i zakładając, że nie ma rekombinacji między genem choroby a markerem D16S84.
Tabela 1. Tabela 1. Dwupunktowe wyniki dla Lod, według frakcji rekombinacyjnej, dla powiązania między rodzinną gorączką śródziemnomorską i wybranymi markerami chromosomu 16 w 27 rodzinach żydowskich niebędących aszkenazyjami. * W podobny sposób obliczono liczbę lod dla każdego z rodziny o różnych częstotliwościach rekombinacji. Dla każdej częstotliwości rekombinacji, wynik dla wszystkich rodzin jest sumą wyników lod dla poszczególnych rodzin. Całkowite wyniki dla lod dla różnych częstotliwości rekombinacji przedstawiono w Tabeli 1. Maksymalny wynik dla tych rodzin wynosił 9,17 przy częstotliwości rekombinacji 0,04 (przedział ufności 95%, 0,00 do 0,11).
Ponieważ D16S84 został zmapowany do końcowej części krótkiego ramienia chromosomu 16,27 28 29 30, szukaliśmy innego markera z tego regionu, aby potwierdzić nasze odkrycia. Sonda 5 HVR wykrywa polimorfizm długości fragmentów restrykcyjnych RsIl związany z kompleksem hemoglobiny. 18 i wynosi około 5 cM telomeru do D16S84. Ten marker jest wysoce polimorficzny; w rodzinie przedstawionej na ryc. można było dostrzec cztery różne rodzicielskie allele. W tej rodzinie allel ojcowski A (16,5 kb) i matczyny allel B (3,9 kb) były związane z nosicielem rodzinnej gorączki śródziemnomorskiej. Tylko potomkowie dziedziczący oba allele wyrazili chorobę. Wynik dla tej rodziny, wyliczony przy częstotliwości rekombinacji 0,00, wynosił 0,88 (7,5: na korzyść powiązania). Tabela podsumowuje dane dotyczące wyników dla jod dla locus hemoglobiny. We wszystkich rodzinach. Całkowity maksymalny wynik dla tego markera wynosił 14,47 przy częstotliwości rekombinacji 0,06 (przedział ufności 95%, 0,02 do 0,11).
W niektórych obszarach genomu szybkość rekombinacji podczas mejozy u mężczyzn może różnić się od wskaźnika u kobiet
[podobne: grześ nawojowa, remondis pszczyna, dywyta żory ]