Rola prognostyczna podpisu genetycznego w komórkach nowotworowych piersi nowotworowych ad

Ważnym odkryciem było to, że IGS wiązało się z ryzykiem śmierci i przerzutów nie tylko w raku piersi, ale także w raku płuc, raku prostaty i rdzeniaku. To odkrycie sugeruje, że IGS reprezentuje ogólne cechy biologiczne współdzielone przez kilka różnych rodzajów guza. Metody
Metody stosowane do izolacji nowotworowych komórek raka piersi i prawidłowego nabłonka sutka opisano szczegółowo w Dodatkowym dodatku, dostępnym wraz z pełnym tekstem tego artykułu na stronie www.nejm.org. Te używane do amplifikacji RNA, analizy mikromacierzy, reakcji łańcuchowej polimerazy w czasie rzeczywistym, normalizacji danych mikromacierzy i generowania IGS są również opisane w Dodatku Uzupełniającym.
Eksperymenty z cytometrią przepływową i biologią molekularną zostały wykonane przez autora akademickiego, który przeanalizował wyniki. Pracownik sponsora przeanalizował dane z mikromacierzy, zidentyfikował IGS i przeprowadził analizę statystyczną. Zarówno autorzy akademiccy, jak i pracownicy sponsora mieli dostęp do danych z mikromacierzy i przechowywali te dane oraz przyczynili się do opracowania projektu, interpretacji wyników i napisania manuskryptu. Dr Clarke zaprojektował badanie i przyczynił się do analizy wyników i napisania manuskryptu; podjął decyzję o opublikowaniu rękopisu i ręczy za kompletność danych oraz za analizę.
Dane pacjenta
Informacje o pacjencie, w tym zarówno dane kliniczne, jak i dane dotyczące ekspresji genów, uzyskano z dwóch niezależnych źródeł: bazy danych Netherlands Cancer Institute, zawierającej dane dla 295 kolejnych pacjentów z wczesnym rakiem piersi10,12 (dostępne na stronie http: //www.ncbi. nlm.nih.gov/geo/) oraz baza danych Erasmus Medical Center, która zawierała dane dla 286 pacjentów z rakiem piersi z ujemnym węzłem chłonnym7,8 (dostępne pod adresem http://microarray-pubs.stanford.edu/wound_NKI). (Opis transformacji i analizy danych pacjenta znajduje się w Dodatku Uzupełniającym.)
Analiza statystyczna
Średnie klastry powiązań przeprowadzono przy użyciu oprogramowania Cluster o otwartym kodzie źródłowym (wersja 3.0), 13, a wyniki wizualizowano za pomocą oprogramowania OpenView z otwartym kodem źródłowym (wersja 1.0.13) .14 Współczynnik korelacji Pearsona dla korelacji między dane ekspresji dla każdego pacjenta i średnią ekspresję sygnatury genu (średnia dla sześciu próbek nowotworowych komórek raka sutka stosowanych do generowania IGS) została obliczona przy użyciu poziomu ekspresji każdego z 186 genów (lub podgrupa genów dostępnych w określonej bazie danych). Pacjenci zostali zgrupowani zgodnie z wartościami korelacji, z 0 lub średnim współczynnikiem korelacji stosowanym jako próg. W przypadku baz danych dotyczących raka piersi wybraliśmy obliczony współczynnik korelacji Pearsona równy 0 jako próg dla rozdzielenia pacjentów na dwie grupy, jedną z profilami ekspresji genów związanymi z IGS (współczynnik korelacji,> 0), a drugą z profilami niezwiązane z IGS (współczynnik korelacji, .0).
Ponieważ liczba pacjentów z rakiem płuca, rakiem płuc lub rakiem prostaty, dla których dostępne były dane, była niewielka, podzieliliśmy pacjentów na dwie grupy w przybliżeniu tej samej wielkości, stosując średni współczynnik korelacji jako próg
[patrz też: wzór recepty dla seniora, ośrodek dla osób uzależnionych, testosteron sterydy cena ]
[więcej w: gestamp września, turhand opole, przychodnia gdynia żwirki i wigury ]